Kann innerhalb von 6 Monaten keine wesentliche Verbesserung der Beschwerden der Bakerzyste unter konservativer Therapie erreicht werden, sollte die Therapie über eine operative Entfernung der Bakerzyste nachgedacht werden. Im Vordergrund steht hierbei die Sanierung der der Zyste zugrunde liegenden Knieerkrankung, also der Meniskusschaden oder die Arthrose. Kann der Knieschaden z.B. durch eine Arthroskopie behoben werden bildet sich die Bakerzyste in 2/3 der Fälle von selbst wieder zurück. Eine Operation der Baker - Zyste an sich ist daher meist nicht notwendig. Ausnahme bilden die Rheumatiker. Da sich entzündlich verändertes Kapselgewebe in der Zyste befindet, sollte dieses initial entfernt werden.
Bei der Operation der Zyste wird diese im Ganzen entfernt. Bei den mit der Gelenkkapsel verbundenen Baker-Zysten muss darauf geachtet werden, dass der Stiel, der die Verbindung zwischen Zyste und Kniegelenk darstellt, unterbunden wird.
Um eine Bösartigkeit der Zyste auszuschließen sollte das entnommene Kapselgewebe feingeweblich untersucht werden.

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