Anatomisch entspricht der Blinde Fleck der Sehnervpapille (Papilla Nervi Optici), an der der Sehnerv das Auge verlässt. Aufgrund der Entwicklung des Auges befinden sich die ableitenden Fasern jeder lichtempfindlichen Sinneszelle weiter in der Mitte des Auges als die Sinneszellen selbst. Neben einer leichten Verschlechterung des Auflösungsvermögens unseres Auges führt dies zu dem Problem, dass die Fasern, wenn sie das Auge verlassen, die Schicht der Sinneszellen durchstoßen müssen. Dies geschieht in der Sehnervpapille, die deswegen keine Sinneszellen enthalten kann und auch nicht lichtempfindliche ist.

Der blinde Fleck befindet sich 15° zur Nase hin verschoben im Gesichsfeld jedes Auges. Durch die Brechung des Lichtes durch die Linse des Auges liegt der Bereich im Sichtfeld 15° außerhalb der Mitte der Sehachse auf jeder Seite (Siehe Abbildung 1).  Dass der Gesunde sich dem Fehlen der Sehinformation an dieser Stelle nicht bewusst ist, liegt an der hervorragenden Leistung von unserem Gehirn, aus den umliegenden Gebieten, den Informationen des anderen Auges  und durch das Verrechnen verschiedener Bilder aus verschiedenen Augenbewegungen,  auf die Abbildung im blinden Fleck zu schließen.