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Die Therapie der Endokarditis besteht in der Gabe hochdosierter Antibiotika.
Zur Optimierung der Therapie ist es notwendig, die auslösenden Erreger aus dem Blut zu isolieren und in einem mikrobiologischen Labor zu bestimmen.
Daher sind mehrmalige Blutabnahmen im Abstand von ein bis zwei Stunden unumgänglich. Besonders zeitaufwendig ist der Nachweis bei Erregern der sog. HACEK - Gruppe (diese bezeichnet eine Bakteriengruppe, die natürlicherweise im Mund-Rachen-Bereich angesiedelt ist, ein besonders langsames Wachstum aufweist und für etwa 5 bis 10 Prozent aller Herzinnenwandentzündungen verantwortlich sind).
HACEK steht für:

• Hämophilus influenzae, parainfluenzae und aprophilus
• Actinobazillus
• Cardiobakterium
• Eicenella
• Klingella.

Anfänglich erfolgt die Antibiotika- Therapie der Endokarditis intravenös (i.v., also über die Vene), um so dauerhaft und möglichst schnell hohe Spiegel des Antibiotikums im Blut erzielen zu können und somit eine maximale Wirkung gegen die Bakterien zu erreichen.
In der Regel vergehen bis zur Ausheilung 4 bis 6 Wochen. Eine Therapie mit einem Antibiotikum muss teilweise deutlich länger durchgeführt werden.

Gefürchtete Komplikationen der Herzklappenentzündungen (Endokarditis) stellen Absiedlungen der bakteriellen Ablagerungen auf den Herzklappen dar. Diese werden als Vegetationen bezeichnet und kann man sich als kleine Bakterienhaufen vorstellen, die auf der Herzklappe wachsen.
Diese können durch das pumpende Herz mit dem Blutstrom fortgerissen werden und dann die Blutzufuhr anderer innerer Organe durch Verschluss des zuführenden Gefäßes durch den “Bakterienhaufen” unterbrechen.
Die Folge dieser sog. septischen Embolien sind Funktionsausfälle des entsprechenden Organs mit den jeweils charakteristischen Beschwerden.
Ist das Gehirn betroffen, droht ein lebensgefährlicher Infarkt (Schlaganfall = Apoplex).
Bei Verschluss von die Lunge versorgenden Gefäßen (selten ist die Lungenarterie selbst durch ein Gerinnsel verstopft, da sie den größten Durchmesser hat) kommt es zum sich in erster Linie durch starke Atemnot, beschleunigte Atmung (Tachypnoe), Schmerzen auf der Brust (Brustschmerzen), sowie im Extremfall durch Bewusstlosigkeit bemerkbar machenden Lungenembolie (siehe unten).
Wird die Niere bei Verlegung des sie versorgenden Gefäßes nicht mehr ausreichend mit Blut versorgt, ist die Filtration des Bluts durch die kleinen als Filter dienenden Blutkapillarschlingen der Niere (die sog. Glomeruli) nicht mehr in ausreichendem Maße möglich und die Harnproduktion versiegt:
Stufen des Nierenversagens:

• Oligurie: es wird mit weniger als 500 ml in 24 Stunden zu wenig Harn gebildet
• Anurie: es wird kein Harn bzw. weniger als 100 ml Harn in 24 Stunden gebildet

Wie bei allen Organen hängt das Ausmaß der Funktionsausfälle und Beschwerden von der Größe des verschlossenen Gefäßes ab.
Kleine Niereninfarkte laufen oft unbemerkt ab, während größere mit plötzlich auftretendem Flankenschmerz, Erbrechen, Übelkeit und Fieber einhergehen. Im Urin sind, bedingt durch die Nierenschädigung, Blut und Eiweiße nachweisbar. 

Kleine Gerinnsel führen ebenfalls zu punktförmigen Blutungen der Haut (sog. Petechien) und sind oft wichtige Wegweiser bei der Erkennung der Herzmuskelentzündung (Endokarditis).
Typischerweise treten sie an den Fingerbeeren und Füßen auf. Nach ihrem Erstbeschreiber, dem Internisten Sir William Osler (im Jahr 1885), werden die 2 bis 5 mm großen, nicht schmerzhaften Hautveränderungen, als Osler-Knötchen bezeichnet. Nicht zu verwechseln ist diese Erkrankung mit dem Morbus Osler.
Herzmuskelentzündungen (Endokarditis) selbst sind dagegen schon lange bekannt und konnten noch bei 600 bis 700 Jahre alten Mumien in Südamerika nachgewiesen werden.

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