Patienten mit Halsschmerzen klagen meistens über ein zunächst raues Gefühl in der hinteren Halsgegend und im Rachen. Zeitweise wird das raue Gefühl auch von leichten Schluckstörungen begleitet. Innerhalb kürzester Zeit wird dieses Gefühl dann von mäßigen bis starken Schmerzen in dieser Gegend abgelöst. Charakteristischerweise treten die Schmerzen nur beim Schlucken auf. Zwischen den Schluckvorgängen sind die Patienten meistens beschwerdefrei. Besonders die Nahrungsaufnahme (Ernährung) und hierbei eher feste Nahrung ist schmerzauslösend. Abhängig von der zugrundeliegenden Erkrankung werden die Halsschmerzen auch von Fieber, Hautausschlägen, und mäßige bis starke Kopfschmerzen und Gliederschmerzen sowie von Schwächegefühl und schlechtem Allgemeinbefinden begleitet. Bei bakteriellen Infektionen können teilweise weiße Belege auf den Mandeln entdeckt werden. Bei viralen Infektionen fehlen diese Belege  meistens. Halsschmerzen, die durch eine Pharyngitis (Rachenentzündung) verursacht werden, haben meistens eine spontane Heilung zufolge.
Nach ca. 3 Tagen sind bei der Hälfte der Patienten die Halsschmerzen bereits abgeklungen, 85% sind fieberfrei. Nach einer Woche klagen ca. 90% der Patienten nicht mehr über Halsschmerzen. Die durchschnittliche Dauer von Halsschmerzen wurde mit 3-5 Tage beschrieben. Neben diesem eher harmlosen und häufigsten Verlauf müssen aber auch immer wieder vorkommende komplizierte Verläufe befürchtet werden. Prinzipiell werden die Komplikationen in eitrige Komplikationen und nicht eitrige Komplikationen unterteilt. Zu den eitrigen Komplikationen zählt der Peritonsillarabszess. Diese Komplikationen kündigt sich meistens mit starken bis stärksten Halsschmerzen beim Schlucken an. Des Weiteren sind ödematöse Schwellungen des hinteren Rachenabschnittes zu erkennen. Das Zäpfchen kann durch die geschwollenen Raumforderungen auf die Gegenseite verdrängt sein. Grund dieser Komplikation sind beta -hämolysierende Streptokokken der Gruppen A,B,C und G sowie der die sogenannte GAS- Pharyngitis verursachende Streptokokkus pyogenes.

Aber auch anaerobe Bakterien können solch einen Abszess verursachen. In selteneren Fällen können auch Mittelohrentzündungen (Otitis media) oder Entzündungen der Nasennebenhöhlen (Sinusitis) einen komplizierten Verlauf begleiten. Zu den nicht eitrigen Komplikationen zählen das akute rheumatische Fieber und die akute  Poststreptokokkenglomerulonephritis. Des Weiteren ist es möglich, dass Streptokokken verschleppt und sich bei Nichtbehandlung im Körper verteilen können. Daraus kann im schlechtesten Fall eine Herzmuskelentzündung resultieren. Gerade wenn eine körperliche Schonung vom Patienten nicht beachtet wird, steigt das Risiko dieses komplizierten Verlaufes.