Neben Infektionen, Wundheilungsstörungen und Blutungen während und nach der Hornhauttransplantation besteht des Weiteren die Gefahr einer Abstossungsreaktion des Empfängers auf die gespendete Hornhaut. Die Einheilung von eingepflanzter Hornhaut hängt von der Immunabwehr/ Immunsystem des Empfängers gegen die eingesetzte Hornhaut ab. Ist das Transplantat gefäßfrei verringert sich die Wahrscheinlichkeit einer Abstoßungsreaktion nach der Hornhauttransplantation, da vom Spender noch vorhandene Immunzellen nicht in den neuen Organismus des Empfängers gelangen können. Im anderen Fall steigen die Risiken einer Abstoßungsreaktion stark an. Die Reaktion kann unterdrückt werden durch die Gabe von Ciclosporin A. Durch die medikamentöse Unterdrückung des Empfängerimmunsystems ist es in den letzten Jahren gelungen, zunehmend auch Hornhaut mit eingewachsenen Gefäßen ohne große Risiken zu transplantieren. Um einer Abstossungsreaktion nach der Hornhauttransplantation vorzubeugen, kann auch vor dem Eingriff eine gewebskompetente Typisierung erfolgen, sodass der Empfänger nur Hornhauttransplantate seines eigenen Zelltyps bekommt (HLA Spezifität). Ausschließen kann man eine Abstoßungsreaktion aber nie. Aus diesem Grund ist neben der sehr sorgfältigen Operation auch die Nachbehandlung des Patienten unbedingt notwendig. Regelmäßige Nachkontrollen können so eine sich anbahnende Transplantatabstoßung deutlich machen. Patienten, die nach einer Transplantation ein Fremdkörpergefühl im Auge verspüren, sollten innerhalb eines Tages einen Augenarzt aufsuchen, der durch eine Spaltlampenuntersuchung sofort Hornhautschwellungen sichtbar machen kann, die für eine begonnene Transplantationsreaktion sprechen könnte.