Es ist nicht die Zahnwurzel direkt, die entzündet ist, sondern das sie umgebende Gewebe, Parodontium genannt, das sich entzündet.  Eine unbehandelte Parodontitis dringt mit ihrer Zerstörung des Zahnhalteapparates immer tiefer Richtung Zahnwurzelspitze vor und erzeugt eine Entzündung des umgebenden Gewebes. Ist die Wurzelhaut infolge der bakteriellen Einflüsse entzündet und der Zahnhalteapparat zerstört,  so treten Zahnschmerzen auf, und der Zahn wird locker. Eine solche Entzündung kann sowohl beim lebenden als auch beim marktoten Zahn vorhanden sein. Jede Berührung  und zwar sowohl in horizontaler als auch vertikaler Richtung erzeugt einen Schmerz. Bakterien können aus diesem Entzündungsherd auch in den gesamten Organismus gelangen und dort Infektionen erzeugen.

Eine Zahnwurzelentzündung allein an der Wurzelspitze (Apicale ostitis) kann lange Zeit schmerzlos sein. Sie entsteht nur bei einem Zahn, dessen Pulpa abgestorben ist, und der keine Wurzelbehandlung bekommen hat. Aber auch Zähne mit einer Wurzelfüllung können eine Entzündung an der Wurzelspitze bekommen. Leider ist der Wurzelkanal an seinem Ende wie ein Delta verzweigt und kann deshalb nicht bis in alle Verzweigungen mit der Wurzelfüllung erfasst werden. Dies hat zur Folge, dass  noch Reste der Bakterien sich in diesen Winkeln halten können. Antibakterielle Wurzelfüllungen geben einen gewissen Schutz, aber nicht in allen Fällen. Die Folge ist ein Austritt der Bakterien in den Knochen und einer Reaktion des Körpers. Es bildet sich ein chronischer Eiterherd, der von der körpereigenen Abwehr mit einem Bindegewebewall abgeschirmt wird.  Die Bakterien vermehren sich  immer weiter und der Herd weitet sich aus. Dadurch kommt es zu einer Zahnwurzelentzündung und Abbau des Knochens. Aus diesem Herd können Bakterien in die Blutbahn gelangen und so andere Organe, vorwiegend das Herz, befallen.