Bei der Therapie von Pilzerkrankungen der Haut (Fußpilz) werden in der Regel sogenannte Antimykotika, also Antipilzmittel verwendet, die den Antibiotika ähnlich sind. Diese sollen die Pilze abtöten.

Handelt es sich um akut entzündete Hautareale sollte zunächst die Entzündung mit Hilfe von feuchten Umschlägen oder beruhigenden Hautlotionen ohne antimykotische Mittel, wie z.B. Oleum Zinci Oxid, also Zinkoxidöl, aufgetragen werden, bis die Entzündung abgeheilt ist. Danach kann ein dem Hautzustand adäquates Antikmykotikum verwendet werden. Soll der Pilz eher akut behandelt werden, verwendet man Cremes, bei trockener Schuppung eher Salben. Den sich in den Zehenzwischenräumen befindlichen Pilz behandelt man nach Entfernung der Schuppen mit Lösungen. Diese Lokaltherapien müssen kontinuierlich über ungefähr vier Wochen fortgesetzt werden. Auch sollte über eine gesicherte Heilung hinaus behandelt werden, um alle Pilze zu eliminieren.

Des Weiteren kann zwischen der lokalen (Cremes, Salben) und der systemischen (Tropfen, Tabletten) Therapie, welche auf den ganzen Körper wirken kann, unterschieden werden. Das Hauptkriterium für die Auswahl des Medikaments ist neben dem Erregernachweis das Verhältnis von Wirksamkeit und Verträglichkeit.

Zu den lokal angewendeten Medikamenten zählen zum einen die Azole, wie Clotrimazol und Miconazol, sowie die neueren Vertreter wie Bifonazol und Sertaconazol, die in Form von Cremes, Gelen und Lösungen angewendet werden können. Nachteilig ist bei dieser Therapie die teilweise auftretende Azolkontaktallergie (Allergie). Eine Alternative zu den Azolen stellen die Pyridone wie das Ciclopiroxolamin, dar. Besonders bei starken Verhornungsstörungen (Hyperkeratosen) findet dieses Medikament wegen seiner starken Penetrationsfähigkeit durch die Haut seine Anwendung. Hierbei handelt es sich jeweils um Breitspektrumantipilzmittel, das heißt es werden so gut wie alle Pilzformen angegriffen. Eine Anwendung sollte ca. vier Wochen andauern. Davon abzugrenzen sind die Allylamine, deren Wirkung gegenüber Dermatophyten größer ist als gegenüber anderen auf der Haut vorkommenden Pilzen. Hierzu gehört die 1%ige Terbinafincreme die zweimal täglich über eine Woche lang angewendet werden sollte. So ist sie den Azolen in der Handhabung überlegen.

Daneben finden auch die systemischen Antimykotika ihre Anwendung. Diese werden in der Regel über den Mund in Form von Tabletten eingenommen.  Es handelt sich dabei um Griseofulvin, ein Schmalspektrumantimykotikum, das nur gegen Dermatophyten wirkt und schon ab dem 1. Lebensjahr verwendet werden kann. Oft ist eine mehrwöchige Behandlung ausreichend, doch bei der übermäßig verhornenden Fußpilzerkrankung (Hyperkeratose) muss das Medikament über Monate angewendet werden. Es ist sehr gut verträglich, darf aber nicht bei Schwangerschaft angewendet werden und kann mit Übelkeit und Kopfschmerzen einhergehen. Auch die Azole können systemisch angewendet werden. Itraconazol und Fluconazol werden bei Erwachsenen angewendet, wenn diese auf eine örtliche Therapie nicht ansprechen. Sie sollte über zwei bis vier beziehungsweise sieben Wochen angewendet werden. Auch hier darf keine Schwangerschaft vorliegen und es können Übelkeit und Kopfschmerzen auftreten. Des Weiteren kann auch das Terbinafin systemisch angewendet werden, falls die Erkrankung durch örtliche Therapie nicht abheilt.