Gentamycin gehört in die Gruppe der Aminoglykoside. Man unterscheidet Aminoklykoside mit allgemeiner Indikation, zu denen Gentamycin, Tobramycin und Amikacin gehören von Aminoglykosiden, die eine spezielle Indikation besitzen. Gentamycin ist auch unter dem Handelsnamen Refobacin^R bekannt.

Aminoglycoside wirken ebenfalls hemmend auf das bakterielle Wachstum durch die Hemmung der Proteinbiosynthese der Bakterienzelle.

Gentamycin ist ein Breitbandantibiotika, das im gram-negativen Bereich die Keime E.coli, Klebsiellen, Proteus vulgaris und Pseudomonas aeroginosa und im gram-positiven Bereich Staphylokokken abdeckt. Gegen Streptokokken, Haemophilus und Anaerobier (Bacteroides, Clostridien) ist es nicht oder nur schwach wirksam. Einsatzgebiet sind vor allem schwere Infektionen, wie z.B. Lungenentzündungen, Harnwegsinfekte, Endokarditis, Blutvergiftung (Sepsis), infizierte Wunden, Augeninfektionen, Knochen

und Weichteilinfektionen.

Aminoglykoside sind recht nebenwirkungsreich. Sie können sich in den Nieren ablagern und dort eine Schädigung (nephrotoxisch) verursachen. Die Nierenschädigungen sind allerdings durch entsprechende Regenerationen der Zellen  nach Absetzen des Medikamentes rückläufig. Es kann zu einem pathologischen Urinbild kommen, das sogenannte Zylinder, Zellen und Eiweiß enthält. Des Weiteren können Aminoglykoside über eine Anreicherung in der sogenannten Perilymphe des Ohres ohrschädigend wirken. Auch diese Beeinträchtigung kann rückläufig sein. Lediglich bei starken Schädigungen des Ohres bleibt der Hörverlust auch nach Absetzen des Medikamentes bestehen. Vor allem bei zu hoher Dosis, zu langer Anwendung und bei unbeachteter Niereninsuffizienz können Gleichgewichtsstörungen und Schwindel  entstehen. Da sich Aminoglykoside im Gewebe anreichern, besteht die Gefahr, dass die Nebenwirkungen auch nach Absetzen des Medikamentes auftreten. Neben Allergien und Blutbildungsstörungen sollte noch auf die Gefahr von Nervenschädigungen (Neurotoxizität) hingewiesen werden, die bis zur Atemlähmung reichen können. Besonders eine Kombination mit Narkosemitteln und Citratblut könnte eine neurotoxische Wirkung verstärken. Um die zahlreichen Nebenwirkungen zu minimieren, sollte man eine Dosisanpassung bei einer Nierenfunktionseinschränkung vornehmen. Ein sogenanntes Drug-Monitoring mit Aufzeichnung von Medikamenttagesspiegeln ist ebenfalls hilfreich. Gentamycin sollte als Kurzinfussion 1x täglich über eine Stunde gegeben werden, um eine Überdosierung zu vermeiden und die Nebenwirkung zu minimieren.

Man sollte Gentamycin und andere Antibiotika dieser Gruppe nicht mit Cephalosporinen kombinieren, da dies zu einer verstärkten Nierenschädigung führen könnte. Eine verstärkte Nieren- und Ohrschädigung könnte durch die Kombination mit den Medikamenten Amphotericin B, Colistin, Ciclosporin A, Cisplatin, Vancomycin und Schleifendiuretika entstehen. Das Narkosemittel Halothan könnte die nervenschädigende Wirkung des Gentamycins verstärken.

Bei bereits bestehender Niereninsuffizienz, oder Innenohrschäden sowie einer Schwangerschaft oder der neurologischen Erkrankung Myasthemia gravis sollte kein Gentamycin gegeben werden.