Unter Resistenz versteht man ein vermindertes oder kein Ansprechen eines Keims auf ein Antibiotikum, obwohl dieses aus wissenschaftlichen Erfahrungen von diesem Antibiotikum zerstört werden müsste.
Zu Beginn des Antibiotikazeitalters waren Resistenzen weitgehend unbekannt. Das lag daran, dass der Großteil der Bevölkerung noch nie mit einem Antibiotikum zuvor  in Kontakt gekommen war. Bei Erstkontakt zwischen Bakterium und Antibiotikum konnte das Medikament den Erreger schnell und zuverlässig abtöten.
Heutzutage gibt es kaum einen Menschen, der nicht schon wenigstens einmal ein Antibiotikum zu sich genommen hat. Auch die meisten Krankheitserreger kamen schon einmal in Kontakt mit einem Antibiotikum.
Viele Bakterienstämme entwickeln bis heute Mechanismen, die dafür sorgen, dass das sonst so schädliche  Antibiotikum ihnen keinen Schaden mehr anhaben kann. Ein Mechanismus ist die sogenannte Mutation. Wirkt ein  Antibiotikum z.B über die Hemmung eines Enzyms und wird dieses Enzym vom Bakterium auf molekulargenetischer Ebene entsprechend umgebaut (mutiert), kann das Antibiotikum so nicht mehr ausreichend wirken.
Besonders anfällig gegenüber Resistenzen, sind Antibiotika, die nur einen Angriffspunkt im Bakterium haben (z.B. Makrolid wie z.B. Erythromycin).
Hauptursache einer Resistenzentwicklung werden zum einen in einem frühzeitigen Therapiabbruch, zum anderen in einem voreiligen Antibiotikaeinsatz gesehen. So berichten Studien darüber, dass jeder zweite Arzt Antibiotika auch dann verschreibt, wenn es sich nicht um eine bakterielle, sondern um eine virale Infektion handelt.
In Ländern, in denen Antibiotika frei im Supermarkt verkäuflich sind, steigt die Resistenzrate deutlich an. In Deutschland existiert eine 7-8% ige Penicillinresistenz. In Ländern, wie Spanien oder Taiwan sind bereits die Hälfte der Keime resistent. Die Gefahr besteht darin, dass unter Umständen auch keine Reservemedikamente wirksam sind (z.B. Makrolide bei Penicillinrsistenz) und dringend behandlungsbedürftige Krankheitsbilder nicht mehr therapiert werden können.
10% der gefährlichen Pneumokokken, 50% des Harnwegsinfektionskeims E.coli sind  gegen das einstige Standartmedikament Amoxicillin resistent . Auch gegen Doxycyclin und Cotrimoxazol besteht eine 30% ige Resistents der E.coli Keime.

Seit einiger Zeit sind neue Antibiotikagruppen auf dem Markt, die vor allem ihr Einsatzgebiet in der Behandlung von resistent gewordenen Keimen haben.

Die Ketolide (Telothromycin) sind seit 2001 für die Behandlung von Infektionen des oberen und unteren  Atemtraktes zugelassen. Sie wirken über eine Hemmung der Eiweißsynthese der Bakterien, die auf den sogenannten Ribosomen ihren Sitz haben.

Die Oxalidinone wirken über eine Proteinsynthesehemmung der Bakterien in einem sehr frühen Zeitpunkt. Resistenzen sind bis jetzt nicht beschrieben worden. Einsatzgebiete sind vor allem Lungenentzündung, Haut- und Weichteilinfektion mit schweren Verläufen.