Bei der Einnahme von Antibiotika ist es wichtig darauf zu achten, dass die Therapie nicht frühzeitig abgebrochen wird. Ein Großteil der Antibiotikabehandlungen erfolgt im ambulanten Bereich.
Häufig kommt es vor, dass bereits nach wenigen Tagen die Symptome abklingen. Die Gefahr besteht, dass Patienten die Medizin nicht mehr weiternehmen. Leitlinien sprechen von einer Therapiedauer zwischen 7 und 21 Tagen, abhängig von der Erkrankung, dem Erreger und dem Präparat.
Setzt ein Patient die Medikation frühzeitig ab, besteht die Gefahr, dass sich noch nicht abgetötete Keime schnell weitervermehren und zu einer erneuten Infektion führen, die dann aber schlechter auf das Medikament anspricht.
Momentan laufen allerdings auch Studien, die untersuchen sollen, ob die Therapiedauer von Antibiotika nicht generell verkürzt werden sollte, um entsprechende Resistenzen zu reduzieren.

Besonders im ambulanten Bereich werden Antibiotika gegeben, ohne den Erreger zu kennen.
Der Arzt stellt aufgrund der Symptome und der statistischen Erfahrungen Vermutungen über die Art des Keims an und wählt ein Antibiotikum aus. Er nimmt dazu meist ein Präparat, das gegen ein möglichst breites Spektrum von Keimen wirksam ist. Die Trefferwahrscheinlichkeit ist somit recht hoch.
In Notsituationen, wie z.B. einer fortgeschrittenen Lungenentzündungen oder dem Verdacht auf eine Hirnhautentzündungen wird im ambulanten und stationären Bereich eine sofortige Therapie bei Verdacht eingeleitet. Auch hier ist der genaue Erreger zunächst nicht bekannt. Die Notsituation erfordert aber schnellstmögliches Handeln.
Man spricht von einer kalkulierten Antibiotikatherapie. Im weiteren Verlauf wird dann eine Blutkultur angelegt  und ein sogenanntes Antibiogramm erstellt. Das ist eine Aufstellung der gefundenen Keime, mit möglichen wirksamen Antibiotika.
Erst wenn ein Antibiogramm vorliegt, kann eine gezielte  Antibiotikatherapie mit direkter Keimbehandlung begonnen werden. Spricht im ambulanten Bereich der Keim nicht auf die Gabe eines Breitspektrumantibiotikas an, sollte ebenfalls eine genaue Keimbestimmung erfolgen.