Der Wirkstoff bindet an sogenannte Sterole, die an der Pilzmembran angesiedelt sind. Dies führt dazu, dass die Zellmembran ihre Dichtigkeit verliert, Kalium aus der Zelle hinausströmt und so den Zelltod verursacht. Besonders der in der Augenheilkunde meistens eingesetzte Wirkstoff Natamycin verfügt über ein breites Wirkungsspektrum gegen Pilze und Hefen.

Natamycin hat sein Einsatzgebiet u.a. bei der Fusariuminfektion der Hornhaut am Auge. Eine Besserung der Symptome kann bereits schon nach zwei Tagen erwartet werden. Bevor man dieses Medikament einsetzt, sollte man durch eine Erregerbestimmung sichern, dass es sich tatsächlich um einen Pilz handelt und dass dieser Pilz auch gegen den Wirkstoff empfindlich ist. Natamycin ist als Augensalbe verfügbar und 6x am Tag einzunehmen (Pima Biciron).

Nach längerer Anwendung kann es zu Augenlidschwellungen und Schmerzen kommen. Auch wurden Verstopfungen des Tränenkanalsystems des Auges beschrieben, was zu einem träufelnden und tränenden Auge führen kann. In seltenen Fällen wurden allergische Reaktionen beschrieben.

Bei Patienten, bei denen bereits eine allergische Überempfindlichkeit gegen Natamycin bekannt ist, sollte das Medikament nicht eingesetzt werden. Des Weiteren sollte auf eine Kombination mit kortisonhaltigen Medikamenten verzichtet werden, da dies zu einer Verschleppung des Pilzes führen könnte.