Therapie des Alice-im-Wunderland-Syndrom beinhaltet die Behandlung der Grundererkrankungen wie Migräne, Epilepsie, Epstein-Barr-Virus, Drogen.
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Das Alice-im-Wunderland-Syndrom kann selbst nicht therapiert werden. Der Arzt behandelt aber die Grunderkrankung.
Verabreichung von Medikamenten/Schmerzmitteln mit den Wirkstoffen Ibuprofen, Paracetamol, Acetylsalicylsäure oder ähnlichen.
Verabreichung  von Triptanen. Diese Schmerzmittel weiten die Blutgefäße des Gehirns  und Verhindern die weitere Ausschüttung entzündlicher Stoffe. Jeder  Patient spricht aber unterschiedlich auf Triptane an.
Behandlung  mit Antiepileptika. Diese können zur Vorbeugung in der beschwerdefreien  Zeit eingesetzt werden oder bei einem akuten Anfall.
Der  Virus selbst kann nicht behandelt werden. Sollte allerdings aufgrund  des Virus eine Krankheit (z.B. das Pfeiffersche Drüsenfieber)  ausbrechen, kann diese mittels Antibiotika behandelt werden.
Der  Patient kann durch Reduzierung bzw. Drogenverzicht, die Häufigkeit der  Symptome selbst beeinflussen. Der Entzug bzw. die Reduzierung muss  gegebenenfalls mit therapeutischer Hilfe begleitet werden.
Trotz medikamentöser Therapie der Grunderkrankungen, die das Alice-im-Wunderland-Syndrom auslösen können, kann das Syndrom noch sporadisch auftreten. Dies ist aber nicht zwangsläufig der Fall.
Es  gibt keine Therapie gegen das Alice-im-Wunderland-Syndrom selbst. 
Durch  die Behandlung der Grunderkrankung kann das Syndrom aber sehr gut  eingedämmt und die Begleiterscheinungen reduziert werden. 
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