Je nach Ausprägung der Symptomatik, Alter der Patientin und eventuellem Kinderwunsch kommen die verschiedenen Behandlungsmethoden zum Einsatz.

Generell gibt es die Möglichkeit der medikamentösen und der chirurgischen Therapie sowie die Kombination beider Möglichkeiten.

• Medikamentöse Therapie
  Als einfachstes Mittel sind hier die Schmerzmittel zu nennen. Als rein symptomatische Behandlung kommen sie unterstützend bei anderen Behandlungsmethoden sowie zum Teil auch als alleinige Therapie der Endometriose zum Einsatz. Dies ist der Fall, wenn die Ausprägung der Erkrankung gering ist und gleichzeitig kein Kinderwunsch besteht, der eine weiterführende Behandlung notwendig machen würde. Auch in absehbarer Zeit zu erwartende Wechseljahre bilden, in Kombination mit schwachen Symptomen der Endometriose, einen Grund für eine reine Schmerzmedikation. In dieser Lebensphase nämlich lassen, wie bereits beschrieben, die Symptome hormonabhängig nach.
  
  Den nächsten Schritt in der medikamentösen Behandlung stellt die Hormontherapie dar. Die Verabreichung von Gelbkörperhormonen (Gestagenen) , wie sie auch in der Pille vorhanden sind, wird besonders in Anschluss an eine operative Therapie vorgenommen. Sie führt zu einer Rückbildung von Endometrioseherden. Allerdings treten dabei die typischen Nebenwirkungen einer Gestagen-betonten „Pille“auf: Depressionen, Wassereinlagerungen, Übelkeit und Brustspannen (Siehe auch Thema: Weibliche Brust).
  
  Ein weiteres Medikament stellt Danazol dar, das wie ein „Hormonhemmer“ wirkt und sehr wirksam in der Rückbildung von betroffenen Endometrioseherden ist.  Nebenwirkungen entstehen hier durch das Überangebot an männlichen Geschlechtshormonen (Androgene): Insbesondere mit Akne und Gewichtszunahme ist zu rechnen. Sogenannte GnRH-Agonisten führen über Regulationszentren im Gehirn zu einem Geschlechtshormonmangel, was wiederum zur Schrumpfung betroffener Areale führt.

• Chirurgische Therapie
  Wenn der Befall der betroffenen Organe ausgeprägt und eine medikamentöse Behandlung der Endometriose nicht mehr ausreichend ist, wird ein operativer Eingriff erforderlich. Dies ist insbesondere dann der Fall, wenn es zu Verklebungen von Organen kommt.
  
  Auch eine Unfruchtbarkeit, die durch Befall von Eileiter oder Eierstöcken zu Stande kommt, sollte operativ behoben werden. Dabei ist zu empfehlen, die Operation mit einer Bauchspiegelung durchzuführen, um wichtige Strukturen nicht zu verletzen. Ist dies aber auf Grund eines ausgedehnten Befalls nicht möglich, so muss gegebenenfalls ein größerer Eingriff erfolgen, insbesondere wenn Darm, Harnblase oder Harnleiter betroffen sind. Besteht kein Kinderwunsch mehr und ist gleichzeitig ein massiver Befall festzustellen, so ist eine komplette Entfernung betroffener Areale, gegebenenfalls inklusive der Gebärmutter, zu empfehlen.