Narkosen und Vollnarkosen sind vor dem Hintergrund moderner Technik sehr sichere Verfahren. Trotz der Tatsache, dass in die normalen Funktionsabläufe des Organismus massiv eingegriffen wird, sind Nebenwirkungen einer Narkose oder gar Komplikationen insgesamt selten.

• Häufig kommt es als Nebenwirkung nach einer Vollnarkose zu Übelkeit, dem sog. PONV (Postoperative Übelkeit und Erbrechen). Bei Patienten, die zu PONV neigen, kann schon während der Operation eine wirksame medikamentöse Prophylaxe erfolgen
• Allergische Reaktionen auf verwendete Medikamente oder deren Inhaltsstoffe
• Schäden durch die Intubation: Zahnschäden (vor allem bei vorgeschädigten Zähnen); Heiserkeit durch Irritationen an den Stimmlippen
• Zittern nach der Narkose (sog. Shivvering)
• Übertritt von Mageninhalt in die Lunge (sog. Aspiration). Das Risiko dieser gefürchteten Nebenwirkungen der Narkose lässt sich durch eine geeignete Lagerung während der Einleitung und schneller wirkende Narkosemedikamente erheblich reduzieren.

Zu den gefährlichsten Nebenwirkungen einer Narkose gehört die Maligne Hyperthermie. Dieses Krankheitsbild führt bei einer genetischen Veranlagung durch häufig verwendete Narkosemittel zu einem Krankheitsgeschehen, welches unbedingt einer intensivmedizinischen Therapie bedarf. Im Vordergrund hierbei steht die Stabilisierung des Herz-Kreislauf-Systems. Die Häufigkeit wird auf 1 zu 250.000 bis 500.000 Narkosen geschätzt.

Häufig bereitet die Vorstellung, während der Operation wach zu werden, dem Patienten große Sorgen. Die Häufigkeit solcher intraoperativen Wachzustände (Awareness) ist je nach Fachgebiet unterschiedlich und variiert in der Literatur bezüglich der Häufigkeitsangabe.
Dies liegt vor allem darin begründet, dass der Patient sich nicht zwangsläufig an den Wachheitszustand erinnert (sog. Recall). Um jedoch die Sorge vor einem solchen Wachheitszustand zu nehmen: Die Häufigkeit von Wachheit mit einer Erinnerung an diesen Zustand wird mit 0,02% bis 2% angegeben. In einem noch wesentlich geringeren Prozentsatz sind diese Erinnerungen emotionsbehaftet. Die Zahl der emotionsbehafteten Erinnerungen die vor allem negativen Charakter haben, ist nochmals geringer. 

Zusammengefasst sind Nebenwirkungen  durch die Narkose als gering zu bewerten. Trotzdem sollte immer überdacht werden, ob eine Narkose zu um gehen ist, denn dann sind die Nebenwirkungen noch geringer.