Die pseudomembranösen Beläge sind endoskopisch im Enddarm als gelbe Auflagerungen zu erkennen (pseudomembranöse Kolitis). Zudem spielen die Klinik und Anamnese eine wichtige Rolle. Die Frage nach einer vorausgegangenen Antibiotikatherapie ist dabei ein besonders wichtiger Hinweis auf die Diagnose.

Die Symptome der pseudomembranösen Kolitis können allerdings sowohl unmittelbar mit der Antibiotika- Therapie einsetzten, als auch bis zu 4 Wochen nach der Therapie.
Es sollte dringend zwischen einer „echten“ pseudomembranösen Kolitis und einer Antibiotika assoziierten Kolitis unterschieden werden, um die richtige Therapie auswählen zu können. Beweisend für den Befall mit aktivem Clostridium difficile ist der Toxinnachweis im Stuhl und eine Stuhlkultur.

Steht die pseudomembranöse Kolitis in Beziehung zu einer Antibiotika Therapie, so sollte diese umgehend abgesetzt werden. In einigen Fällen reicht dies schon aus.
Die natürliche Darmflora kann sich nach Absetzen der Therapie wieder entwickeln und dämmt die Ausbreitung von Clostridium difficile ein. In schweren Fällen ist meist eine Flüssigkeits- und Elektrolytzufuhr unerlässlich. Dies muss oft parenteral über die Vene geschehen, da die Patienten durch die massiven Durchfälle keine Flüssigkeit resorbieren können. Auf Medikamente gegen Durchfall sollte möglichst verzichtet werden. Besonders wichtig sind die hygienischen Maßnahmen, um die Ansteckungsgefahr so gering wie möglich zu halten.

Da das Bakterium Sporen bildet, sind die üblichen Desinfektionsmittel unwirksam. Aus diesem Grund sollten die betroffenen Patienten isoliert werden. Das Pflegepersonal sollte auf sorgfältiges Händewaschen nicht verzichten, da auch die Handdesinfektionsmittel keine Sporen angreifen können. Reicht die oben genannte Therapie der  pseudomembranösen Kolitis nicht aus, so erfolgt eine Behandlung mit Metronidazol oder Vancomycin über 7 Tage.
Wichtig ist eine ausreichende antibiotische Behandlung, noch mindestens 3 Tage nach Abklingen der Durchfälle. So lassen sich Rezidive oder Resistenzen vermeiden. In 20% der Fälle kommt es dennoch nach Therapieende zu einem Rückfall. Grund hierfür ist, dass nur aktive Erreger durch das Antibiotikum abgetötet werden. Nicht aber die Sporen, also schlafende, inaktive Bakterien. Diese können nach der Antibiotika Therapie aktiv werden, und finden in dem noch angegriffenen Darm hervorragende Bedingungen zum Wachstum.
Ein solcher Rückfall ist wieder relativ problemlos mit Metronidazol oder Vancomycin zu behandeln. Um Rückfälle zu vermeiden, werden nach Therapieende Hefepräparate eingesetzt. Diese helfen dem Darm sich schneller zu regenerieren und versetzen ihn in den Normalzustand zurück.

Am wichtigsten zum Schutz vor einer pseudomembranösen Kolitis ist eine gesunde Darmflora. Diese bietet einen natürlichen Schutz vor angreifenden Bakterien. Hierfür können probiotische Präparate eingesetzt werden. Diese unterstützen eine gesunde Darmflora, auch unter erschwerten Bedingungen. In Studien zeigte sich, dass eine regelmäßige Zufuhr von Joghurt die Darmflora verbessert und so das Auftreten einer pseudomembranösen Kolitis verhindert.

Die Prognose der pseudomembranösen Kolitis hängt stark mit der Schwere der Erkrankung und den Vorerkrankungen der Patienten ab. Da in den meisten Fällen schon Kranke oder mulitmorbide Patienten betroffen sind, ist die Letalität in diesen Patientengruppen höher.

Besonders Patienten, die auf eine antibiotische Therapie angewiesen sind, können durch eine pseudomembranöse Kolitis große Probleme bekommen. Grund hierfür ist die Tatsache, dass die wichtigste und mitunter einzige Maßnahme das Absetzen der antibiotischen Therapie ist.
Dies ist jedoch bei einigen Patienten aufgrund der eigentlichen Erkrankung nicht möglich. In dieser Patientengruppe besteht eine hohe Letalität. Ist es allerdings problemlos möglich, die antibiotische Therapie zu beenden, so kann Clostridium difficile relativ problemlos behandelt werden. Dennoch stellt die hohe Ansteckungsgefahr ein großes Risiko in den Krankenhäusern dar und sollte bei Patientenkontakt bedacht werden.