Die Ursachen für das Reizdarmsyndrom sind bis heute weitgehend ungeklärt. Es lässt sich nur so viel sagen, dass Betroffene zwar wirklich krank sind und spezielle Abläufe im Verdauungssystem nicht richtig funktionieren, diese aber nicht durch krankhafte Veränderungen in Organen zu erklären sind. Dies bedeutet im Umkehrschluss durchaus nicht, dass dieser Erkrankung eine psychische Störung zu Grunde liegt, wobei seelische und körperliche Belastungen wie Stress oder das gehäufte Auftreten von Konfliktsituationen  die Beschwerden auslösen oder verschlimmern können.

Derzeit werden verschiedene Faktoren diskutiert, die das Auftreten eines Reizdarmsyndroms auslösen könnten, bewiesen sind sie allerdings zum Großteil noch nicht. Wahrscheinlich spielt der Informationsaustausch zwischen dem Gehirn und dem Darmnervensystem (dem sogenannten „Bauchhirn“) eine wichtige Rolle. Wenn dieser gestört ist, können auch schon normale Verdauungsvorgänge als schmerzhaft empfunden werden, weil die Schmerzschwelle herabgesetzt ist (Hyperalgesie). Eine zentrale Rolle wird hier dem Botenstoff Serotonin zugeschrieben, der sowohl für die Steuerung der Darmbeweglichkeit als auch für das Schmerzempfinden essenziell ist. Ein Großteil der Beschwerden ist durch eine Motilitätssteigerung, also eine zu aktive Darmmuskulatur bedingt.

Zum Teil gehen auch andere Krankheiten der Entwicklung eines Reizdarmsyndroms voraus. Dazu gehören unter anderem Unverträglichkeiten oder auch allergische Reaktionen gegenüber bestimmten Lebensmitteln (Milchprodukte, Kaffee, Alkohol, Zitrusfrüchte u.v.m.) oder bakterielle Darminfektionen. Bei ungefähr einem Viertel der Patienten mit Reizdarm lässt sich eine zuvor durchgemachte Gastroenteritis (Magen-Darm-Grippe) nachweisen.

Als weitere Auslöser („Trigger“) kommen außerdem in Frage: eine erbliche Veranlagung (Reizdarmsyndrome treten familiär gehäuft auf, was allerdings neben genetischen Faktoren auch für eine Rolle der Erziehung oder innerfamiliären Gewohnheiten sprechen kann), hormonelle Einflüsse, bestimmte Medikamente, eine Fehlbesiedelung der natürlichen Darmflora, wobei bestimmte Bakterien gehäuft und andere hingegen zu spärlich zu finden sind und vor allem auch eine falsche Ernährung (wenn diese zum Beispiel zu fettreich oder ballaststoffarm ist). Das Risiko, an einem Reizdarmsyndrom zu erkranken, steigt erheblich, wenn mehrere dieser Faktoren aufeinandertreffen.

Bei manchen Patienten lässt sich eine gesteigerte Anzahl von weißen Blutkörperchen (Leukozyten) nachweisen, was für das Vorliegen eines entzündlichen Vorganges spricht.

Die Mechanismen, die zum Reizdarmsyndrom führen könnten, werden aktuell sowohl von der Schulmedizin als auch der alternativen Medizin ausführlich untersucht und diskutiert und stellen ein großes und wichtiges Forschungsgebiet dar.

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