Beim Schlauchmagen wird ein Teil des Magens tatsächlich entfernt. Dafür wird mittels einer Schablone ein neuer kleinerer (100-150ml Fassungsvermögen) Magen gebildet, der die Form eines Schlauchs hat.

Die Methode des Schlauchmagen ist nicht ganz einfach. Da ein Teil des Magen entfernt wird, muss die entstandene Lücke zugenäht werden. Diese Naht ist das komplizierte an dieser Methode. Die Nähte vom Schlauchmagen müssen sehr fein und dicht sein, um den späteren Belastungen Stand zu halten. So besteht auch die Gefahr einer Verengung (Stenose), wenn die Belastung durch zu viel Nahrungsaufnahme zu groß ist.
Da der Magen beim Schlauchmagen erhalten bleibt und damit der normale Weg der Nahrung, kann später auch wieder eine Magenspiegelung durchgeführt werden. Allerdings muss das Vitamin B12 nach der Operation ergänzt werden, da es nicht mehr in ausreichender Menge aufgenommen werden kann. Mit dem Schlauchmagen verlieren die Patienten im Durchschnitt etwa 70% ihres Übergewichts.

Diese Methode des Schlauchmagen ist international im Aufschwung. Sie wird zum Teil als alleinige Methode genutzt.  Andererseits wird beim Schlauchmagen bei Menschen mit sehr extremem Übergewicht (BMI über 60) in Kombination mit anderen Methoden wie der Bilio-pankreatischen Diversion (s.u.) eingesetzt. Dabei bekommen die Patienten zuerst einen Schlauchmagen und nach 1-2 Jahren und großer Gewichtsreduktion werden sie noch einmal nach der bilio-pankreatischen Diversion operiert um ihr Zielgewicht zu erreichen.