Grundsätzlich stehen bei der Behandlung der Baker Zyste die konservative und operative Maßnahmen zur Verfügung.

Wie schon erwähnt richtet sich die Form der Behandlung der Bakerzyste nach der Ursache der Baker - Zyste. Viele Baker - Zysten verursachen nur mäßige Beschwerden. Diese können sicherlich konservativ behandelt werden. Zu beachten gilt es jedoch, daß unter konservativen Maßnahmen keine Behandlung der Ursache erfolgt.

Die konservative Therapie richtet sich nicht primär gegen die Ursache der Bakerzyste, als den Verschleißvorgangen im Kniegelenk. Nur wenn es zu einem Verbesserung der Kniegelenksfunktion kommt, ist mit einer dauerhaften Verbesserung der Beschwerden in der Kniekehle zu rechnen.

• medikamentöse Behandlung der Bakerzyste:
  Es kommen entzündungshemmende (antiphlogistische) Medikamente aus der Gruppe der nichtsteroidale (ohne Cortison) Antirheumatika (NSAR) , wie Ibuprofen und Diclofenac zur Anwendung. Seit kurzem finden auch COX 2 (Cyclooxygenase) Inhibitoren Anwendung als Therapeutikum. Cyclooxygenase ist ein Schlüsselenzym bei der Produktion von Schmerzerzeugenden Substanzen (Schmerzmediatoren), mit dem Vorteil, insbesondere weniger Nebenwirkungen auf die Magenschleimhaut zu haben.
  Die Wirksamkeit dieser Gruppe scheint jedoch den klassischen Medikamenten unterlegen zu sein.
  Die Anwendung von cortisonhaltigen Präparaten bei einer Bakerzyste ist wegen der zahlreichen Nebenwirkungen nicht ungefährlich, dafür aber sehr wirksam.
  Sollte man sich zu einem Einsatz entschließen, so kann das Cortisonpräparat dabei mit Hilfe einer Spritze direkt ins Knie verabreicht werden, um den entzündlichen Vorgang lokal zu stoppen. Um das cortisonbedingt Risiko nicht zu groß werden zu lassen, sollten Kortisongaben nicht mehr als dreimal jährlich durchgeführt werden.
  Besonders wirksam haben sich in den letzten Jahren bei der Behandlung der Baker Zyste die Therapie mit Hyaluronsäure entwickelt.
  Hierbei handelt es sich um körpereigene Substanzen, die die Qualität des verbliebenen Knorpels verbessern können. Hierdurch kann die "Wasserbildung" reduziert werden und im Idealfall bildet sich die Bakerzyste zurück.
   
• Punktion der Zyste: Der Inhalt der Zyste kann auch mit einer Spritze herausgesaugt werden. Mit einem Wiederauftreten der Zyste muß jedoch gerechnet werden, da um es bildlich zu beschreiben “der See leergepumpt wird, aber der zuführende Fluß weiter läuft”.
  

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