Laktoseintoleranz geht häufig mit Bauchschmerzen und Verdauungsbeschwerden einher. Dies liegt daran, dass die Laktose dann erst im Dickdarm abgebaut und verdaut werden kann. Dort finden zwei verschiedene Vorgänge statt:
Durch eine Ansammlung der Laktose im Dünndarm kommt es zu einem höheren osmotischen Druck, sodass dem Stuhl weniger Wasser entzogen wird. Daraus kann Durchfall resultieren. Zum anderen findet durch die Dickdarmflora eine Vergärung statt, bei der Fettsäuren, Kohlenstoffdioxid, Wasserstoff, bakterielle Giftstoffe (Toxine) sowie Methan entstehen. Diese Gasbildung führt zum einen zu charakteristischen Blähungen (Meteorismus) und Bauchschmerzen, zum anderen können diese Gase und Toxine über den Darm ins Blut gelangen und dort zu weiteren unspezifischen Symptomen führen. Weitere Symptome können Erbrechen, Kopfschmerzen, Müdigkeit, Konzentrationsschwierigkeiten oder Allergien sein. Sehr selten kann es auch zur Herzrhythmusstörung kommen.