Wenn Husten länger als drei Wochen anhält wird er als chronisch bezeichnet. Sollte dies der Fall sein, sollte ein Arzt aufgesucht werden. Oft handelt es sich um sogenannte kreisende Infektionen der oberen Atemwege, die immer zu einer Entzündung und damit zu Husten führen. Hält der Husten länger als drei Wochen an, muss abgeklärt werden, ob ein sogenannter Raucherkatarrh (Raucherhusten) oder eine chronisch obstruktive Lungenerkrankung (COPD) hinter den Symptomen stecken.

Auch ein Asthma oder das  Inhalieren von industriellen Stäuben kann zu chronischem Husten führen. Auch muss ein Bronchialkarzinom ausgeschlossen werden, das sich häufig durch lang anhaltenden Husten bemerkbar macht. Des Weiteren können noch folgende Erkrankungen hinter dem chronischen Husten stecken:
Allergien, chronische Nasennebenhöhlenentzündung (Sinusitis), Lungenentzündung (Pneumonie), Tuberkulose, Lungenemphysem, Lungenfibrose, dauerhafter Medikamenteneinsatz (ACE-Hemmer, ASS), Herzinsuffizienz, Herzmuskelentzündung, Stimmbandlähmung, Lebensmittelunverträglichkeit und die Mukoviszidose. Vor allem bei Kindern kann es zum sogenannten Pseudo-Krupp kommen. Dabei handelt es sich um eine Virusinfektion durch Parainfluenzaviren (manchmal auch RS-, Rhino- und Masernviren). Meistens kommt es zu trockenem und bellendem Husten. Außerdem zeigen Kinder Heiserkeit und pfeifende Atemgeräusche beim Einatmen (inspiratorischer Stridor). Bei ernsten Verläufen kann es zu Atemnot kommen.
Auch der Keuchhusten, ausgelöst durch den Erreger Bordetella pertussis führt meistens zu bellendem Husten, der über Monate anhalten kann. In den Zeiten der umfassenden Impfungen im Kindesalter ist das Krankheitsbild des Keuchhusten aber eher selten geworden. Bei Erwachsenen, die unter leichtem chronischen Husten oder Hüsteln leiden sollte auch immer eine Refluxkrankheit ausgeschlossen werden. Dabei handelt es sich um einen ständigen Rückfluss von Magensaft durch einen unzureichenden Magenabschluss nach oben hin (nicht richtig schließender Kardiasphinkter). Meistens nachts und im Liegen läuft dann Magensaft in die Speiseröhre zurück und wird dann eingeatmet. Dies führt dann im Laufe der Zeit zu ständigem Räuspern und zum Teil zu immer wieder kehrenden kleinen Lungeninfektionen. Des Weiteren kann auch ein Husten rein psychogener Natur sein, d.h. es kann keine organische Ursache gefunden werden.
Allerdings wird von Pneumologen die Diagnose eines psychogenen Hustens oft sehr früh gestellt. In vielen dieser Fälle findet man bei nachfolgenden Kontrolluntersuchungen dann doch eine organische Ursache. Das sogenannte Lungenemphysem verursacht ebenfalls chronischer Husten mit zum Teil sehr starkem Auswurf. Grund sind  Aufblähungen der Lunge, die nicht mehr reversibel sind. Häufig betroffen von Lungenemphysemen sind rauchende Patienten und Patienten mit schlecht eingestelltem Asthma bronchiale.
Aus diesem Grund ist es sehr wichtig Menschen mit Asthma so zu behandeln, dass kein Asthmaanfall entsteht. Man geht davon aus, dass je häufiger es zu einem Anfall kommt, desto schneller entsteht ein Lungenemphysem. Emphysematiker in fortgeschrittenem Krankheitsstadium sind meistens auf eine dauerhafte Sauerstoffgabe (evtl. mit einem mobilen Sauerstoffgerät) angewiesen.

Auch Patienten mit den sogenannten Bronchiektasen leiden an chronischem Husten mit zum Teil sehr starkem Auswurf. Hierbei handelt es sich um Aussackungen der Lunge, in denen sich zäher Schleim verfangen und schwer abgehustet werden kann. Nicht selten setzen sich auf die gestörten Ventilationsverhältnisse noch bakterielle Infektionen, was die Behandlung von Bronchiektasen noch schwerer macht.