Leider gibt es nicht das Mittel, um Magenkrämpfe mit Durchfall zu behandeln. Die Therapie der Magenkrämpfe kann immer erst nach eingehender Diagnostik beginnen und richtet sich dann nach der Krankheit, die Magenkrämpfe verursacht hat. Bei allen Möglichkeiten, die als Ursache in Frage kommen, sollte eine Schonung des Magens die spezifische Therapie begleiten, um ihn nicht noch zusätzlichen Belastungen auszusetzen. Dazu gehören unter anderem eine gesunde und ausgewogene Ernährung (genaueres siehe Prophylaxe) und das Vermeiden von Stresssituationen. Auch warme Umschläge oder ein magenberuhigender Tee (zum Beispiel Kamille) können die Genesung zumindest unterstützen. Auch Massagen oder Akupunktur kommen für manche Betroffene in Frage.

Wurden die Magenkrämpfe durch eine Blinddarmentzündung hervorgerufen, kann es nötig sein, den Blinddarm operativ zu entfernen, um eine Linderung der Schmerzen zu verschaffen und einen Durchbruch zu verhindern.

Ein verdorbener Magen, sowie Durchfall ist sehr leicht zu therapieren. Wenn man etwas gegessen hat, was nicht mehr gut war, oder man einen Bestandteil des Essens nicht vertragen hat, genügt es in der Regel, zwei Tage lang eine entsprechende Diät durchzuführen (das bedeutet Schonkost in Form von Zwieback und Tee und natürlich den Verzicht auf die auslösende Substanz). Sollte allerdings eine wirkliche Lebensmittelvergiftung vorliegen, kann es aufgrund von heftigen Durchfällen notwendig sein, dem Betroffenen Flüssigkeit wieder vermehrt zuzuführen, was in Form einer oralen Rehydratationslösung (Wasser, Elektrolyte und Glucose) oder auch einer Infusion erfolgen kann. Wenn die Lebensmittelvergiftung erregerbedingt ist, sollte zusätzlich mit Antibiotika behandelt werden.

Blähungen kann man in der Regel gut durch Hausmittel in den Griff bekommen. Massagen und lokal applizierte Wärme, zum Beispiel in Form einer Wärmflasche, zeigen häufig schon eine deutliche Besserung der Symptome. Darüber hinaus sollten natürlich blähende Nahrungsmittel (wie zum Beispiel Kohl, Bohnen, Wassermelone oder Zuckerersatzstoffe) vermieden werden.

Das Reizdarmsyndrom ist prinzipiell ungefährlich und muss deswegen nicht unbedingt therapiert werden, wenn der Leidensdruck des Patienten nicht zu groß ist. Häufig ist eine Behandlung auch aus dem Grund nicht indiziert, als dass kein spezieller Angriffspunkt festgemacht werden könnte. In einigen Fällen können jedoch je nach Form des Reizdarmsyndroms Abführmittel oder darmanregende Präparate zu einer Besserung führen. Da auch psychische Faktoren keinen unwesentlichen Anteil an der Entwicklung eines Reizdarmsyndroms haben, kann auch eine Psychotherapie sinnvoll sein.

Magen-Darm-Infektionen durch Viren heilen in der Regel nach zwei bis drei Tagen von alleine aus und bedürfen deswegen normalerweise gar keiner Therapie. Bakterielle Infektionen können unter Umständen durch Antibiotika behandelt werden, wobei diese auch nur in schwerwiegenden Fällen  angewendet werden sollten, da die Infektionen normalerweise nicht gefährlich und selbstlimitierend sind und die unnötige Gabe von Antibiotika zu einer ungewollten Resistenzbildung führt. Bei kleinen Kindern und älteren Menschen sollte man zusätzlich immer schauen, dass der Flüssigkeitshaushalt durch Erbrechen und DurchfallDurchfall nicht zu stark beeinträchtigt ist und gegebenenfalls zur Flüssigkeitssubstitution greifen.

Da bei einer Magenschleimhautentzündung vor allem der hohe Säuregrad des Magensaftes eine Rolle spielt, wird hier mit Medikamenten behandelt, die die Magensäureproduktion hemmen (entweder sogenannte Protononenpumpeninhibitoren, zum Beispiel Omeprazol, oder Histamin-2-Rezeptor-Blocker, zum Beispiel Ranitidin). Wenn die Ursache der Magenschleimhautentzündung die Infektion mit Helicobacter pylori ist, sollte dies mithilfe der sogenannten „Eradikationstherapie“ beseitigt werden, die aus der gemeinschaftlichen Gabe eines Protonenpumpeninhibitors und zwei Antibiotika besteht. Die gleichen Therapieansätze gelten für das Vorliegen eines Magengeschwürs.

Die Therapie beim Magenkrebs hängt davon ab, wie weit der Krebs schon fortgeschritten ist. In manchen Fällen wird versucht, den Tumor mithilfe einer Operation vollständig zu entfernen. Sollte dies von Anfang an nicht möglich oder missglückt sein, bestehen darüber hinaus die Optionen zur Chemotherapie oder zur Strahlentherapie oder einer Kombination aus beiden. Seltener angewandte Behandlungen sind die Lasertherapie oder die Immuntherapie (bei der die körpereigene Abwehr aktiviert werden soll, um den Krebs zu bekämpfen). Außerdem muss auch die Ernährung unter Umständen umgestellt werden.

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